Al visitatore che arriva a S. Pietro, dopo aver necessariamente percorso un’ora di cammino dal momento che solo una mulattiera, dal sottostante paese di Civate conduce alla basilica, immediatamente appaiono, in successiva sequenza, una dopo l’altra, due chiese: l’oratorio di S. Benedetto, semplice e armonioso nella sua linea, e la basilica di S. Pietro, più decisa e maestosa nell’equilibrio del rapporto delle grandi masse.

Si accede alla basilica salendo un robusto scalone di 24 alti gradini, assai probabilmente materiale di recupero, un tempo utilizzato forse per gli stipiti e le soglie di grossi portali. Questo scalone si appoggia a un porticato-pronao semicircolare, che abbraccia tutta l’abside orientale della chiesa. Al centro si apre la porta principale.

I tre elementi: scalone, pronao e la porta ad oriente, pur assai antichi, così come la costruzione dell’endonartece e le due cappelle ai lati, sono evidente frutto di interventi posteriori alla costruzione della basilica; così la collocazione del ciborio a occidente e il relativo spazio circostante. Non ancora chiaro è il rapporto in cui sta l’abside occidentale con tutto il resto; la sua contemporaneità di costruzione con la basilica farebbe di questa una chiesa biabsidata, e l’aggiungerebbe ai pochissimi esempi esistenti in Italia.

Il vano-chiesa si presenta ad una navata, rettangolare, che termina a oriente ed a occidente con le due absidi semicircolari. Di queste l’orientale è divisa in tre parti: un vano centrale di ingresso e due cappelline laterali, anch’esse absidate ed orientate a Est.

La copertura è due falde, ricoperta da un assito e da “piode” della Valmalenco e sostenuta da capriate in legno, a vista, attualmente poggianti su mensoloni di granito infissi nel grosso spessore del muro, intervento questo certamente posteriore.

 Un tempo, tutte le pareti erano affrescate e longitudinalmente percorse da un fregio in stucco dell’altezza di 40 centimetri. In stucco pure sono la decorazione del ciborio, del parapetto della scala Nord che dalla chiesa conduce alla cripta, dei due plutei e delle colonne dell’ingresso, così come la fascia che contorna il grande affresco del frontone interno della chiesa, e la decorazione della cripta.

Forse con il medesimo materiale erano rivestite le colonnine delle bifore del portico: si può dedurre ciò dalla somiglianza di lavorazione di queste con le colonne, pure in granito, della cripta, che ancora conservano tracce di tale rivestimento.

E’ facile quindi immaginare lo splendore e la ricchezza artistica che un tempo impreziosivano questa chiesa! Ci si chiede pertanto come mai questa decorazione, tanto abbondante, viene eseguita subito prima o proprio nel momento in cui i monaci iniziano ad abbandonare questo luogo, o addirittura dopo che essi sono scesi al piano.

Questa ricchezza di decorazione, che gli storici e i critici d’arte tendono a datare attorno all’ultimo quarto del secolo XI, forse potrebbe essere spiegata dal fatto che in tale periodo due Arcivescovi di Milano: Anselmo III e Arnolfo III, e un re, Corrado, sarebbero stati costretti da eventi politici e religiosi a soggiornare per diverso tempo pare proprio nel monastero di Civate.

Anche la tematica della decorazione lascia aperto il campo alla ricerca. Due potrebbero essere le ipotesi più probabili. La prima, fondandosi sulle moltissime indulgenze che qui, in certe circostanze, raggiungevano addirittura l’indulgenza plenaria così come la si poteva acquistare a Roma durante il Giubileo, vedrebbe in questa chiesa una chiesa penitenziale, cioè un luogo di conversione e quindi di remissione dei peccati.

La seconda, più difficile da sostenersi, ma non meno interessante, potrebbe essere quella che riscontra in S. Pietro una chiesa monastico-pasquale, dove la comunità, ormai residente al piano, saliva per la preparazione e la celebrazione della Pasqua, realizzando quella drammaturgia che nei secoli X e XI vide un particolare sviluppo nei monasteri d’Oltralpe, con cui  Civate non cessò mai di essere in stretto contatto. La ricerca culturale, legata ai significati storici, sociali, religiosi e politici della basilica, dalle sue origini alla decadenza, è ancora ampiamente lacunosa.