La cripta si apre sotto l’abside orientale della chiesa ed è senza dubbio la parte più antica della costruzione. Vi si accede scendendo una scala posta lungo la parete nord dell’edificio e protetta dal parapetto lavorato in stucco. Di questa lavorazione si vedono ancora frammenti di cornice al suo inizio. Forse essa aveva una scala gemella e simmetrica sull’altro fianco della basilica. L’ambiente della cripta è suddiviso in tre navatelle con soffitti a crociera da due serie di colonne che, un tempo, erano completamente lavorate in stucco. La strettezza dell’ambiente, che facilitava il continuo addossarsi ad esse delle persone, e l’umidità presente, in mille anni hanno completamente distrutto la copertura delle stesse, lasciando scoperti i torsi delle colonne in serizzo ghiandone. Al di sopra di esse, restano frammenti dei capitelli in stucco rossastro lavorato a foglie e viticci in modo semplice. Anche per il resto della cripta era stata preferita la decorazione plastica. In effetti, questa era utilizzata soprattutto come cappella hiemalis o durante l’officiatura notturna cui i monaci dovevano ottemperare, dal momento che lo spazio esiguo, la minor dispersione del calore umano generato dai presenti e le caratteristiche tipiche di una cantina, più calda durante l’inverno, mitigavano meglio i rigori del freddo.

La decorazione delle pareti, purtroppo, ha subito per la maggior parte la sorte delle colonne. Rimangono tuttavia alcune decorazioni nella parte absidale. A sinistra dell’altare, appare ancora una porzione della scena della presentazione di Gesù al tempio. La profetessa Anna e Simeone accolgono il bambino con un drappo posto sulle mani. Al centro un cippo, che vuole ispirare l’idea di un altare ebraico, è la riproduzione di un’ara sacrificale romana. Sullo sfondo si mostra l’architettura del tempio nella sua interpretazione medioevale: tetto a capanna, monofore ed una lanterna sulla cuspide. Dietro l’altare si riconosce in basso la deesis occidentale, col Cristo in croce affiancato da S. Giovanni e la Madonna. Il racconto segue qui fedelmente l’interpretazione evangelica. Due piccoli soldati stanno inframmezzati ai personaggi maggiori: uno un tempo reggeva una lancia e l’altro una canna sulla cui cima una spugna inzuppata di vino e aceto era offerta al Cristo morente. Lo si intuisce dal secchiello che regge con la mano sinistra. La figura di Cristo è la più rovinata a causa di un incendio di candele avvenuto a fine ottocento e del continuo sfregare dei paramenti sacerdotali del celebrante. Sopra, nella lunetta separata da una semplice cornice a foglie, è presentata la Dormitio Virginis con l’Assunzione. La Madonna è stesa su un letto dormiente al centro della figurazione.