Aperta alle visite dopo anni di indagini, ricerche, pubblicazioni, la cripta antica ci fa scoprire qualcosa del passato del monastero che è anche il passato della nostra comunità. Offre frammenti pittorici, e resti di uomini che qui hanno vissuto e trascorso parte della loro storia, testimonianza che il monastero era attivo sin dall’alto medioevo.
La cripta fu indagata e scavata da mons. Barelli a fine 800, inviato dal card. Schuster a studiare la chiesa sul monte e a restaurare quel che restava di un complesso che faceva appena intuire la bellezza e la grandezza che noi apprezziamo ora.
L’ambiente è di forma quadrangolare. Di esso si conservano i muri perimetrali, possenti muri che sicuramente sorreggevano un ambiente più vasto. Probabilmente i pilastri presenti sorreggevano una volta a botte. A est si trova una zona leggermente rialzata, che potrebbe essere il presbiterio, nel quale si conserva traccia della base di un altarino o di un reliquiario.
Ad ovest due ripide scale che antichi pellegrini discendevano e salivano dopo aver sostato a venerare preziose reliquie.
Particolarmente suggestivo il ritrovamento di resti ossei di individui, la cui datazione permette di ipotizzare che una chiesa precedente potesse qui sorgere in età carolingia, tra il VII e il IX sec. e che la stessa sia stata abbattuta per far posto alla attuale basilica che risale all’XI sec. o che sia crollata per eventi catastrofici.
Le indagini archeologiche hanno portato alla luce anche migliaia di frammenti di intonaco dipinto di diverse dimensioni che sono ancora in fase di studio e di catalogazione. Alcuni presentano vari temi decorativi, cornici e decorazioni floreali, un altro gruppo presenta una serie di volti, in particolare di occhi, forse di monaci disposti con le teste vicinissime e che osservano una scena alla loro destra.
Tra i frammenti è possibile individuare un gruppo di fattura più semplice che forse decoravano la cripta altomedievale, altri frammenti sembrano risalire all’XI sec e potrebbero far parte quindi della decorazione della chiesa superiore che è stata rimossa e interrata nella cripta antica quando si decise di costruire la chiesa attuale decorata con lo stesso tema del drago apocalittico.